Period stagnacije i propadanja

U drugoj polovini 18. vijeka stanovništvo Banjaluke se naglo smanjuje.

Ovome je prethodilo prenošenje središta Pašaluka 1639. godine iz Banjaluke, te česti i dugi ratovi sa Austrijom kao i unutrašnji nemiri.

Upadom austrijskih trupa gradsko jezgro u Šeheru je spaljeno 1688.

Istorijske činjenice, druge bitke za Banjaluku u kojoj su je Turci povratili, iskoristio je Andrić u svojoj pripovijetci o Aliji Đerzelezu, gdje spominje tvrđavu i Crkvinu koju je pregazio.
 

Prvu podrobniju vijest o Banjaluci iz ovih vremena imamo u izvještaju A. Đorđić, austrijskog oficira. Đorđić navodi da u Banjaluci 1626. godine postoje četiri mosta. U njegovom izvještaju se kaže da je Banjaluka sjedište bosanskog paše i da ima 42 džamije.
Kako svaka mahala ima svoju džamiju, to bi značilo da je Banjaluka tada imala 42 mahale. U izvještaju se dalje kaže se da Banjaluka ima 4000 kuća s vrtovima, od toga 200 katoličkih i 80 pravoslavnih, a ostalo su muslimanske kuće.